ジュニアNISA口座は1人1口座に限り開設できることとされているため、ある金融機関でジュニアNISA口座を開設した後に、他の金融機関でジュニアNISA口座を開設したい場合には、既存の口座を廃止する必要があります（払出し制限が解除される前に口座を廃止する場合は、災害等やむを得ない事由により口座を廃止する場合を除き、非課税で受領したすべての配当金・売買益に課税されます）。

※2024年以降は払出制限期間中に払出しを行う場合であっても、過去に非課税で支払われた分配金や過去に非課税とされた譲渡益は、非課税扱いとなります。