非課税保有限度額は簿価残高方式（購入時の価格）で管理されるため、ご購入いただいた投資信託が値上がり・値下がりしても、非課税保有限度額の利用金額は変わりません。
例えば、投資信託を100万円分を購入すると、非課税保有限度額は残り1,700万円分です。その後、投資信託の評価額が3割下がっても非課税保有限度額のうち70万円分の利用とはならず、100万円利用中のままです。